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应用层透明加密技术俗称钩子透明加密技术。这种技术就是将应用层API和Hook组合而成的。通过windows的钩子技术，监控应用程序对文件的打开和保存，当打开文件时，先将密文转换后再让程序读入内存，保证程序读到的是明文，而在保存时，又将内存中的明文加密后再写入到磁盘中。
应用层透明加密（钩子透明加密）技术与应用程序密切相关，它是通过监控应用程序的启动而启动的。一旦应用程序名更改，则无法挂钩。同时，由于不同应用程序在读写文件时所用的方式方法不尽相同，同一个软件不同的版本在处理数据时也有变化，钩子透明加密必须针对每种应用程序、甚至每个版本进行开发。
目前不少应用程序为了限止黑客入侵设置了反钩子技术，这类程序在启动时，一旦发现有钩子入侵，将会自动停止运行，所以应用层加密很容易通过反钩子来避开绕过。
应用层加密的主要技术原理在于，应用系统通过加密API(JDBC,ODBC,C API等)对敏感数据进行加密，将加密数据存储到数据库的底层文件中；在进行数据检索时，将密文数据取回客户端，再进行解密。另外应用系统将自行管理密钥体系。
这种方案也存在明显缺陷，最主要的不足在于，应用程序必须对数据进行加解密，增加编程复杂度，而且无法对现有的系统做到透明，应用程序必须进行大规模的改造。从效率角度来看，这种技术方案无法利用数据库的索引机制，加密后数据的检索性能将产生大幅度下降。
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